دو سال پس از رویدادهای کهکشان اکسپرس ۹۹۹، زمین به یک میدان جنگ تبدیل شده است و تتسورو احضار می‌شود تا بار دیگر سوار بر قطار سه-نه شود. در این پایان سینمایی، تکان‌دهنده و بلند برای داستان حماسی لیجی ماتسوموتو، به همه پرسش‌ها پاسخ داده خواهد شد و همه رازها فاش می‌شوند؛ چرا که تتسورو سفری را آغاز می‌کند که رازی چنان هولناک را آشکار می‌سازد که حتی خود مایتل نیز به سختی می‌تواند درباره آن صحبت کند.

اوککو پس از از دست دادن والدین خود در یک تصادف، شروع به زندگی در حومه شهر با مادربزرگش می کند که یک مسافرخانه سنتی ژاپنی دارد. در حالی که او آماده می شود که صاحب بعدی مسافرخانه باشد، اوککو شروع به دیدن ارواحی مهربان میکند...

داستان فیلم درباره یک کارآگاه خصوصی به نام آکیرا کامیا است که یک موسسه حل کننده جرم و جنایت دارد و به مردم کمک می کند. هر کسی که نیاز به کمک دارد می تواند نام و مشخصات خود را در تابلویی در ایستگاه شینجوکو بنویسد تا ریو به داد او برسد و مشکل او را حل کند. اکنون او برای محافظت از دختر دانشمندی که اخیراً در یک تصادف مشکوک درگذشته است، استخدام شده است و ....

خلبان زن زبده و آزمایش‌کننده، کوسوموتو ال، در اولین نمایش تانک جنگی شخصی و پیشرفته مادوکس، راننده تانک مغرور و مدعی، ستوان کیلگور را تحقیر می‌کند. کیلگور قسم می‌خورد انتقام بگیرد و زمانی که ارتش با بی‌دقتی نمونه اولیه را در توکیو گم می‌کند، فرصت به دستش می‌آید. مادوکس توسط یک دانشجوی مهندسی به نام سوجیموتو کوجی پیدا می‌شود که بدون خواندن کامل دفترچه راهنما، درون این ماشین گیر می‌افتد و در حالی که نحوه کار با آن را درست بلد نیست، در توکیو شروع به چرخ زدن می‌کند. حدس بزنید چه کسی مامور متوقف کردن این مادوکس گمشده و در حال حرکت می‌شود؟ کوجی بیچاره. اگر او به قرار ملاقاتش دیر برسد، رابطه‌اش با دوست‌دخترش برای همیشه تمام است. لباس فعلی او تعریف جدیدی از «بیش از حد مجهز بودن» ارائه می‌دهد. و از همه بدتر، کیلگور می‌خواهد کاری کند که او برای همیشه دیر کند؛ یعنی تبدیل به «کوجی مرحوم» شود!